Die Vorarbeit für die Moselkommission und ihre Delegierten liefern die Sachverständigen in den Ausschüssen.

Der Ausschuss für Rechts- und Verwaltungsfragen prüft alle rechtlichen Belange, z.B. den Moselvertrag betreffend.

Der Ausschuss für Schifffahrtsabgaben bereitet, wie sein Namen es schon vermuten lässt, die Modalitäten für die Erhebung der im Moselvertrag vorgesehenen Schifffahrtsabgaben vor.

Der Ausschuss für Schifffahrtspolizei und Fahrwasserbezeichnung kümmert sich um die Vorschriften, die auf der Mosel gelten, um die Sicherheit und Leichtigkeit des Verkehrs zu gewährleisten, aber auch um von der Schifffahrt ausgehende Gefahren abzuwenden. Alle Vorschriften sind in der Moselschifffahrtspolizeiverordnung verankert.

Der Technische Ausschuss prüft alle Bauvorhaben an der Mosel insbesondere daraufhin, ob sie mit den Interessen der Schifffahrt vereinbar sind. Zurzeit werden hier u.a. die Verdopplung der Schleusen auf dem deutschen Abschnitt und die Brückenanhebungen auf dem französischen Abschnitt thematisiert. Aber auch Projekte, die langfristig geplant sind, wie z.B. die Saône-Mosel-Verbindung, welche vom französischen Staat diskutiert wird, werden in den Sitzungen des Technischen Ausschusses erörtert. Der Technische Ausschuss legt zudem die Schleusensperrzeiten auf der Mosel fest.

Wenn ein Vorhaben oder eine Problematik mehrere Ausschüsse betrifft, können die Ausschüsse auch gemeinsam beraten und sogenannte gemischte Ausschüsse ins Leben rufen. Als Beispiel zu nennen sei hier der gemischte Technische Ausschuss und Rechtsausschuss, der über Unterhaltung, Erneuerung und Betrieb der Mauer und der Mole des Bauwerks Apach im Grenzgebiet der drei Moselanrainerstaaten beraten und entschieden hat. Als Ergebnis konnte am 1. Oktober 2009 eine Vereinbarung zwischen den drei Staaten in feierlichem Rahmen unterzeichnet werden.

Darüber hinaus haben die Ausschüsse auch die Möglichkeit, Arbeitsgruppen zu bilden, an denen Experten aus den drei Anrainerstaaten teilnehmen, um ganz spezielle, fachspezifische Themen zu behandeln.

So hat der Ausschuss für Schifffahrtspolizei und Fahrwasserbezeichnung die Arbeitsgruppe „Moderne Informationsaustauschdienste und -systeme“ ins Leben gerufen. Auf Initiative des Technischen Ausschusses entstand die Arbeitsgruppe „Abflussmanagement“.

Die Moselkommission verfügt zudem über einen Berufungsausschuss. Dieser Ausschuss, bestehend aus einem Richter aus jedem Mitgliedstaat, kann anstelle des zuständigen Obergerichtes als Berufungsinstanz angerufen werden.