Unabhängig davon, ob es sich um den Gütertransport oder den Personentransport handelt, ist die Binnenschifffahrt ein umweltfreundlicher Verkehrsträger. Ihre Nutzung trägt Sorge, dass die Artenvielfalt im Moseltal geschützt wird.

Seit dem Ausbau der Mosel zur Großschifffahrtsstraße haben die Anrainerstaaten sich stets für den Schutz der Umwelt einzusetzen gewusst.

Die öffentlichen Einrichtungen wachen darüber:

• dass im Zusammenhang mit den Arbeiten zur Errichtung oder dem Betrieb der Bauwerke alle umweltrelevanten Vorschriften eingehalten werden,
• dass eine optimale Wasserqualität erhalten wird,
• dass die natürlichen Lebensräume beschützt werden,
• dass das Abfallmanagement optimiert wird.

Alle durch Deutschland, Frankreich und Luxemburg getroffenen Maßnahmen erfolgen im Rahmen einer europäischen Umweltreglementierung, die darauf abzielt, eine Harmonisierung zwischen der Binnenschifffahrt und der Umwelt herbeizuführen. Die Moselkommission kooperiert mit internationalen Schutzkommissionen, wie beispielsweise mit den Internationalen Kommissionen zum Schutze der Mosel und der Saar (IKSMS). Diese Zusammenarbeit ist unter anderem darauf ausgerichtet, den Austausch zwischen den zwei Kommissionen bezüglich der Europäischen Hochwasserrisikomanagementrichtlinie und der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie zu verstärken.